A GRANDE CAMPANHA - Na temporada seguinte, o Mogi realizou a melhor Série-B de sua história. Após passar por três fases classificatórias, o time vermelho chegou ao quadrangular final. Era a grande chance de conquistar um lugar na elite do futebol nacional. Na quinta rodada, o Sapo venceu o Central de Caruaru (PE) por 4 a 1 e chegou a sete pontos. Porém, no Paraná, o já classificado Atlético-PR (faturou o acesso com uma vitória de 1 a 0 em Mogi) perdeu para o rival Coritiba por 3 a 0. Uma derrota do Coxa no Atletiba deixaria o Mogi a apenas um ponto do clube alviverde e a decisão do acesso para a primeira divisão nacional será em Mogi Mirim. Porém, com o triunfo no Couto Pereira, o Coxa garantiu a vaga e o Mogi apenas cumpriu tabela na rodada final.
Em 1996, o Mogi caiu nas quartas de final para o União São João. No ano seguinte, eliminação na primeira fase e início de uma janela de quatro anos fora da Série-B. Em 2001, o time comandado por Adilson Baptista foi vice-campeão e garantiu a volta à segunda divisão. A Série-B já contava com um novo formato, com confronto no estilo “todos contra todos” na primeira fase. O melhor desempenho vermelho foi em 2002, quando ficou a apenas três pontos da classificação para a segunda fase. Após uma participação figurativa em 2003, o clube foi rebaixado em 2004 e desde 2005 sonhava com o acesso obtido na tarde de ontem. 10 anos depois, o Mogi reencontrará uma Série-B ainda mais diferente, com turno e returno e 38 jogos. Agora são quatro vagas para a Série-A, número que, em 1995, teria colocado o Sapão na elite nacional.
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